Издательство «Прометей» было основано в 1907 г. в Санкт-Петербурге (Пушкинская, 15) книгоиздателем Н. Н. Михайловым и выпускало произведения русских и зарубежных писателей (А. В. Амфитеатров, Ю. С. Волин, С. М. Степняк-Кравчинский, Э. Л. Войнич, Дж. Лондон и др.), книги по философии (Л. Фейербах, Ф. Ницше, Ж.-Ж. Руссо и др.), работы по истории литературы (С. А. Венгеров, Н. А. Котляревский, Д. Н. Овсянико-Куликовский), по социально-политической проблематике, истории, а также справочные издания. В 1916 г. издательство прекратило свое существование, но в конце ХХ века было воссоздано.

С этого времени издательство активно выпускает образовательную литературу для школ, вузов и учреждений среднего специального образования сначала СССР, затем СНГ и России, а также широкий ассортимент изданий различного профиля: от художественной до узкоспециализированной литературы по всем областям науки, техники и общественной жизни.

В последнее десятилетие активно развивается взаимодействие издательства с ведущими вузами России, такими как МГИМО, Финуниверситет и др., с которыми были подписаны договоры о сотрудничестве в области издательской деятельности и об использовании логотипов вузов, в связи с чем в издательском портфеле увеличилась доля экономической и юридической литературы авторов вышеуказанных вузов.